Цей знаний український державний діяч кінця 17 – початку 18 століття вийшов на історичну арену як керівник генеральної військової канцелярії гетьмана Івана Самойловича. Пізніше він обіймав посади генерального писаря (1687–1699) та генерального судді Запорозького Війська (1699–1708).
За гетьманства Івана Мазепи Кочубей майже одразу заявив про себе, як про лідера антигетьманської старшинської опозиції. Восени 1707 року він дізнався про те, що гетьман Мазепа намагається домовитися щодо майбутнього України з польським королем Станіславом Лещинським і шведським королем Карлом XII. Генеральний суддя одразу ж направив донос цареві Петру І.
Самодержець на той час був аж занадто впевнений у Мазепі, тож довірив гетьманові самому розбиратися з донощиком. Кочубея заарештували у Вінниці разом із полковником Іваном Іскрою. Після важких тортур обох старшин було страчено. Кочубея поховали у Києво-Печерському монастирі неподалік від Трапезної церкви.
Конфлікт між Мазепою та Кочубеем спричинила... жінка. Старий гетьман раптово закохався в доньку генерального судді Мотрю, якій сам він доводився хресним батьком. Оскільки брати шлюб у такому випадку церква забороняла, родина Кочубеїв була обурена поведінкою старіючого можновладця. Дівчина ж утекла з дому до резиденції гетьмана.
Скандал вибухнув настільки гучний, що гетьман був змушений відіслати Мотрю до батьків, а ті спромоглися видати її заміж лише через кілька років. Генеральний суддя вважав, що кум спаплюжив його доньці життя, а його самого виставив на посміховисько перед усім козацтвом і старшинством. Тож Кочубей старанно відслідковував найменші помилки свого ворога і тричі надсилав цареві доноси на нього, щоразу звинувачуючи Мазепу у зраді.
