Роль найвищого органу влади Війська Запорозького відігравала козацька рада, на якій кожен козак міг висловити свою думку. Рішення козацької ради були обов’язковими до виконання. На козацькій раді обирали гетьмана і військову старшину. Гетьман був наділений вищою судовою і виконавчою владою, був головнокомандувачем, представляв Військо Запорозьке на дипломатичних переговорах. У розпорядженні гетьмана була військова старшина, до якої належали обозний (керував артилерією), писар (очолював військову канцелярію), суддя (чинив суд) і осавули (два порученці гетьмана).
За допомогою кошової системи здійснювалося розміщення козаків у коші – польовому таборі під час військових походів та на самій Січі. У коші козацтво розподілялося на курені (усього 38) – військово-адміністративні одиниці і, одночасно, козацьке житло. їх очолювали виборні курінні отамани.
Полковий територіально-військовий устрій реєстрового козацтва почав формуватися з 1625 р., коли було підписано угоду про створення приписаних до певної території реєстрових полків. Центрами полків були міста Біла Церква, Канів, Черкаси, Корсунь і Переяслав.
