Резиденцією гетьмана було місто Чигирин, яке виконувало функцію столиці держави.
Військо Запорозьке охоплювало близько 200 тис. км2, де проживало понад 3 млн осіб. Це території колишніх Київського, Чернігівського і Брацлавського воєводств.
Станом на 1654 р. на Правобережжі було 11 полків (Вінницький, Білоцерківський, Брацлавський, Кальницький, Канівський, Київський, Корсуньський, Чигиринський, Паволоцький, Уманський, Черкаський, а на Лівобережжі – сім (Чернігівський, Прилуцький, Кропивенський, Миргородський, Ніжинський, Переяславський, Полтавський). Полки, у свою чергу, поділялися на сотні. У кожному полку, залежно від території і кількості населення, налічувалося 10–20 і більше сотень. Територія Запорожжя становила окрему адміністративну одиницю.