Від початку 90-х рр. XVII ст. католики почали готуватися до церковної унії, яка мала остаточно знищити на Україні-Русі православ'я.
Православні селяни у Польщі опинилися під релігійним, соціальним і національним гнітом. Верхівка козацтва також відчувала гніт польських магнатів.
Волелюбний український народ не мирився з владою гнобителів. У різних частинах України, у окремих її селах все частіше спалахували повстання.
У 1591–1593 рр. велике повстання охопило Київщину, Поділля і Волинь. Рух очолив виходець із багатого козацтва – гетьман реєстрових козаків Кшиштоф Косинський.
Князь Острозький самовільно захопив село, яке було подароване Косинському царем за вірну службу. Це і стало приводом для повстання. Косинський зібрав загін козаків і розгромив маєток Острозького. Повстанці захопили не лише маєтки і дрібні містечка, але й великі міста з польськими гарнізонами. Навіть декілька разів нападали на Київ. У січні 1593 р. шляхта мобілізувалася і завдала удару, Косинський зазнав поразки біля села П’ята.
Косинському довелося підписати угоду про повернення козацтва у підпорядкування королю. Але він не змирився з польською владою і прагнув її позбутися. Косинський звернувся по допомогу до російського царя Федора Івановича, і, напевно, уклав із ним угоду.
У травні 1593 р. Косинський продовжував боротьбу і знову зібрав значне військо. Він вирушив проти поляків, але їх розбили під Черкасами, а сам Косинський загинув у бою. Того ж місяця сейм Речі Посполитої оголосив козаків поза законом.
Нове народне повстання під керівництвом Северина Наливайка (1594–1597 рр.) охопило майже всі українські землі. Повернувшись із походу проти турок у Молдавії, Наливайко виступив проти польської влади в Україні. За легендою, Наливайко намагався створити козацьку державу між Дністром і Бугом. До його козацьких загонів приєдналися селяни, міщани і реєстрові козаки на чолі з гетьманом Григорієм Лободою і полковником Матвієм Шаулою. Повстанці захопили Брацлав, Гусятин. Бар, Канів, Черкаси, Луцьк, Слуцьк, Могильов на Дніпрі. Повстанці потрапили до оточення недалеко від міста Лубни і були знищені, а Наливайка після жорстоких тортур стратили.
У 1635 р. було збудовано замок Кодак, для того щоб зупинити втечу козаків на Січ, проте козаки на чолі з гетьманом Іваном Сулемою зруйнували його.
У XVII ст. Польща потребувала допомоги козаків у боротьбі проти Молдавії, Швеції, Туреччини, Росії, тому за часів гетьманів Сагайдачного (1614–1622 рр.) і Михайла Дорошенка (1623–1628 рр.) дипломатією, перемогами, військовими сутичками з поляками, але ж козаки отримували своє.
